1915年，马寅初谢绝了美国教授的热情挽留，抱着富国强民的满腔热情回到了祖国，从事教育事业，并积极投身到爱国民主运动中。1949年3月，马寅初在中共地下党组织的帮助下，辗转香港赴北平，全身心地投入了新中国建国的筹备工作，并光荣出席了开国大典。
 在新中国，马寅初先后出任中央人民政府委员，浙江大学校长，政务院财政经济委员会副主任、华东军政委员会副主席、北京大学校长等要职，并被推选为全国政协、人大常委，为经济建设献计献策，为教育事业呕心沥血。1957年，马寅初以超人的胆识发表了《新人口论》，大声疾呼要“控制人口数量，提高人口质量”，强调人口增长与国民经济物质生产必须协调发展。由于历史的原因，马寅初在人口理论上的远见卓识收到了了错误的批判，含冤受屈二十年。1979年，马老98岁高龄时，党和国家为他回复名誉。此后，曾担任北京大学名誉校长、中国人口学会名誉会长等职。